Les virus font partie des êtres vivants les plus petits sur Terre. Petits mais dangereux puisqu’ils sont porteurs d’agents pathogènes à l'origine d’infections courantes. Ces parasites infectent les cellules et s’attrapent par contagion, au contact direct ou indirect d’un individu déjà infecté. Ils ont beau être omniprésents sur Terre, nous en connaissons à l’heure actuelle encore très peu. Mais le développement de l’IA accélère la recherche dans ce domaine. Des chercheurs de l’Université de Toronto révèlent avoir découvert 70 500 nouveaux virus à acide ribonucléique (ARN) grâce à l’IA. Nombre d’entre eux seraient « bizarres », complètement différents de ce que nous connaissons.
Pour leurs travaux, les chercheurs se sont servis d’un outil du nom de ESMFold (développé par Meta). Ce dernier leur a permis d’examiner la prédiction de la structure des protéines. C’est-à-dire : deviner la forme 3D d’une protéine à partir de son mélange d’acides aminés. Cette forme détermine comment elle fonctionnera dans le corps. En utilisant une méthode "métagénomique" qui consiste analyser tous les génomes d’un environnement sans isoler chaque virus, les scientifiques ont découvert de nouveaux virus à ARN. Pour les identifier, ils ont entraîné l’IA à identifier une partie de leur génome fabricant la protéine RdRp, nécessaire à la copie de leur ARN. En repérant ces protéines dans les données génétiques, ils ont pu observer pour la première fois ces fameux nouveaux virus.
En tout, les chercheurs ont identifié quelque 160 000 virus à ARN. Parmi eux, certains étaient incroyablement longs et résidaient dans des sources chaudes, des lacs salés ou encore l’air. Si nombre de ces virus étaient déjà connus de la science, 70 500 n’avaient jamais été décrits auparavant. Ici, les chercheurs ont trouvé « de petites poches de biodiversité de virus à ARN qui sont vraiment très éloignées dans les recoins reculés de l’espace évolutif », explique Artem Babaian, virologue informatique à l’Université de Toronto au Canada. Cette découverte pourra aider à mieux comprendre les origines des microbes et la manière dont ils ont évolué dans divers hôtes. D’autant plus qu’en augmentant le nombre de virus connus, il sera de plus en plus facile d’en détecter d’autres similaires.
Désormais, les chercheurs souhaitent comprendre si l’un de ces nouveaux virus peut infecter les archées, une branche entière de l’arbre de la vie pour laquelle aucun virus à ARN n’a pour l’heure été identifié de manière claire comme infectant. Ils développent actuellement un modèle permettant de prévenir les hôtes de ces virus à ARN nouvellement identifiés. L’objectif étant de comprendre le rôle joué par les virus dans leurs niches environnementales.
Article rédigé par Georges Simmonds pour RT Flash
