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Un nouveau logiciel déduit avec précision l’ascendance continentale à partir de l’ADN et de l’ARN de la tumeur

Lundi, 30/01/2023 - 07:08 0 commentaire
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Le fait de savoir d’où viennent vos ancêtres pourrait-il être la clé de meilleurs traitements contre le cancer ? Peut-être, mais où irait cette clé ? Comment retracer les racines ancestrales du cancer jusqu’aux solutions modernes ? Pour le professeur de recherche Alexander Krasnitz du Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL), les réponses pourraient se trouver au plus profond de vastes bases de données et d’archives hospitalières contenant des centaines de milliers d’échantillons de tumeurs.

Krasnitz et le boursier postdoctoral CSHL Pascal Belleau travaillent à révéler les liens généalogiques entre le cancer et la race ou l’ethnicité. Ils ont développé un nouveau logiciel qui déduit avec précision l’ascendance continentale à partir de l’ADN et de l’ARN de la tumeur. Leurs travaux pourraient également aider les cliniciens à développer de nouvelles stratégies de détection précoce du cancer et des traitements personnalisés. Pourquoi les gens de différentes races et ethnies tombent-ils malades à des rythmes différents avec différents types de cancer ? Ils ont des habitudes, des conditions de vie, des expositions différentes ; toutes sortes de facteurs sociaux et environnementaux. Mais il peut aussi y avoir une composante génétique ».

L’équipe de Krasnitz a formé ses outils logiciels à l’aide de profils d’ADN hybrides. Ils ont créé ces profils à partir de génomes sans cancer cancéreux et non apparentés d’un arrière-plan connu. Ils ont ensuite testé les performances du logiciel par rapport à des échantillons de cancer du pancréas, des ovaires, du sein et du sang de patients d’ascendance connue. L’équipe a découvert que le logiciel faisait correspondre leurs profils hybrides aux populations continentales avec une précision de plus de 95 %.

« Nous avons un bon modèle sur lequel bâtir », déclare Krasnitz. « Mais très peu d’individus proviennent d’une seule ascendance. Nous sommes tous mélangés dans une certaine mesure. Nous travaillons donc maintenant à approfondir nos recherches, à tester des échantillons de tumeurs d’ascendance inconnue, à révéler des mélanges ancestraux et à obtenir une plus grande spécificité régionale ». Comment spécifique ? Pour l’instant, pensez à l’Afrique de l’Ouest par opposition à l’Afrique de l’Est.

Krasnitz et Belleau ont récemment rejoint une étude sur le cancer colorectal en collaboration avec Northwell Health et SUNY Downstate Medical Center. L’étude leur permet d’explorer comment le cancer colorectal mute les gènes de différentes manières selon les races ou les ethnies spécifiques. Ils espèrent affiner davantage leur logiciel pour déduire l’ascendance non seulement des génomes entiers, mais aussi de chaque séquence individuelle qu’ils contiennent. « Si nous pouvons identifier des ancêtres plus localisés qui sont sensibles à différents cancers ou à d’autres maladies agressives, cela pourrait nous aider à identifier la partie spécifique du génome responsable et à la cibler pour le traitement », a déclaré Belleau.

Article rédigé par Georges Simmonds pour RT Flash

CSHL

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