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Deux signatures permettent de distinguer infections virales et bactériennes et la grippe
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Des chercheurs de l’Université Stanford ont identifié une signature d’expression génique pouvant distinguer l’infection respiratoire virale de l’infection bactérienne. Ils ont aussi identifié une signature de la grippe. Une précieuse découverte pour le diagnostic et le traitement des infections virales.
« Nous avons identifié deux signatures transcriptionnelles : l’une commune à de multiples virus (la signature métavirus, ou MVS), l’autre spécifique à la grippe (la signature influenza métavirus, ou IMS) », précise le Professeur Purvesh Kathri, chercheur en bio-informatique et immunité à l’Université Stanford (Californie).
« MVS peut distinguer avec une grande exactitude les infections virales des infections bactériennes. Nous optimisons maintenant cette signature de façon à ce qu’elle puisse être utilisée en pratique clinique pour permettre un diagnostic différentiel entre l’infection virale et l’infection bactérienne, ce qui serait utile pour décider de traiter ou non par antibiotique », poursuit le chercheur.
L’étude révèle aussi de nouvelles voies de la réponse antivirale et identifie des cibles potentielles pour développer des antiviraux à large spectre, qui seraient précieux contre les infections virales graves, comme le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), la dengue et d’autres.
Pour découvrir une réponse transcriptionnelle de l’hôte commune aux diverses infections virales respiratoires, ou une réponse spécifique au virus grippal, les chercheurs ont analysé les données publiques (base de données GEO du NCBI) de 26 cohortes indépendantes, comprenant près de 3 000 échantillons (sang, PBMC ou cellules épithéliales) d’enfants ou adultes de pays différents. « Ce qui est extraordinaire, c’est que toutes ces données étaient déjà disponibles pour notre analyse. Nous avons pu créer du Big Data en combinant beaucoup de "small data", souligne le Professeur Kathri. Étant donné la quantité des données hétérogènes utilisées dans notre analyse, ces signatures sont robustes et reproductibles ».
Les chercheurs ont d’abord analysé les échantillons sanguins de 205 individus ayant une grippe, un rhume ou infectés par le virus respiratoire syncytial, ce qui leur a permis d’identifier une signature commune reposant sur 396 gènes surexprimés (161) ou sous-exprimés (235). L’analyse de cette signature MVS sur les échantillons sanguins ou cellulaires de près de 3 000 individus a permis d’identifier correctement d’autres infections virales (coronavirus du SRAS, adénovirus, HHV6, et entérovirus), les distinguant des infections bactériennes (E. coli, S. aureus, S. pneumoniae, Salmonella) et des échantillons de sujets en bonne santé.
Article rédigé par Georges Simmonds pour RT Flash
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