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Covid-19 : ce déroutant virus est loin d’avoir livré tous ses secrets…

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Edito : Covid-19 : ce déroutant virus est loin d’avoir livré tous ses secrets…

Vendredi, 10/09/2021 - 00:00 0 commentaire
Covid-19 : ce déroutant virus est loin d’avoir livré tous ses secrets… zoom

Cette semaine, il me semble utile de faire un point, forcément très synthétique, sur l’évolution de la pandémie de Covid-19 dans notre pays et les récentes dernières avancées scientifiques concernant ce virus atypique à maints égards, intervenues au cours de ces derniers mois. Alors que j’écris ces lignes, la France a enfin franchi le cap historique des 50 millions de personnes primo-vaccinées contre le coronavirus, soit 73 % de la population éligible (68 % ont eu un schéma vaccinal complet). Sous l’effet incitatif incontestable du passe sanitaire, notre pays a réussi à accélérer sensiblement le rythme de la vaccination et sa couverture vaccinale a rejoint celle de la moyenne de nos grands voisins européens.

Il faut évidemment se réjouir de cette accélération de la vaccination, surtout quand on sait que le variant delta, à présent dominant, est 60 % plus contagieux que le variant alpha et double le risque d’hospitalisation par rapport à ce dernier, ainsi que vient de le montrer une vaste étude britannique (Voir The BMJ). Cette étude confirme également que les vaccins disponibles, s’ils perdent un peu d’efficacité (qui passe de 91% à 66 %) pour prévenir l’infection face au variant delta, selon les dernières données américaines des Centres de lutte et de prévention des maladies (CDC), continuent à protéger efficacement contre les formes graves du Covid-19 et les hospitalisations qui en résultent : selon les dernières données du Ministère de la Santé, il y avait, parmi les personnes entrées à l’hôpital avec le Covid-19 entre le 9 et 15 août, 76 % de non-vaccinés (80 % pour les soins critiques), contre seulement 17 % de complètement vaccinés (13 % en soins critiques).

Quant aux décès, 73 % concernent des personnes non vaccinées, contre seulement 23 % pour les personnes complètement vaccinées (Voir Drees). Une étude réalisée par des chercheurs de l'Université de Montpellier, associés aux CHU de Nîmes et de Caen, vient par ailleurs d’évaluer à 47 400 le nombre de décès qui ont pu être évités grâce aux vaccins (Voir OSF). Dans le cas où aucun vaccin contre le Covid-19 n'aurait été administré sur toute l'année 2021, il y aurait eu, selon ces recherches, près de 80 000 morts supplémentaires…

Reste qu’en dépit de cette vaccination massive, 11 % des plus de 75 ans ne sont pas vaccinés, un taux sensiblement plus important que nos principaux voisins européens. Par ailleurs, 15 % des malades chroniques (cancer, diabète, obésité, hypertension) ne sont pas non plus vaccinés, selon le dernier décompte de l’Assurance maladie, et ces deux millions de Français âgés et malades, particulièrement vulnérables face au variant delta, doivent être vaccinés le plus rapidement possible. La Haute Autorité de Santé vient par ailleurs d’autoriser le principe d’une troisième dose, destinée à remobiliser suffisamment le système immunitaire contre le variant delta, pour tous les plus de 65 ans (six millions de personnes) souffrant de certaines comorbidités et vaccinés depuis plus de six mois. Mais il semble probable que cette troisième dose soit rapidement étendue à tous les plus de 65 ans (chez lesquels les vaccins perdent plus vite leur efficacité contre le variant delta au bout de six mois), sans condition particulière. Quant aux adolescents de 12 à 17 ans (7 % de la population), pour lesquels la vaccination n’est ouverte que depuis le 15 juin dernier, leur couverture vaccinale complète n’est que de 44 % mais devrait progresser rapidement avec l’entrée en vigueur du passe sanitaire pour cette tranche d’âge le 30 septembre prochain.

Il est important de souligner que la recherche sur les vaccins continue et ne cesse de réaliser de remarquables avancées. Il y a quelques jours, des chercheurs de l’Inserm et de l’Université Paris-Est Créteil à l’Institut de Recherche Vaccinale (VRI), du CEA et de l’Université Paris-Saclay, ont ainsi annoncé le développement d’un vaccin très prometteur ciblant des cellules clés du système immunitaire, les cellules dendritiques. Celui-ci a montré son efficacité en laboratoire, en provoquant une réponse immunitaire puissante contre le coronavirus. Dans un premier temps, les chercheurs estiment que ce vaccin pourrait être utile pour les personnes convalescentes ou déjà vaccinées, dont la réponse immunitaire a commencé à décliner, afin de « booster » leur immunité. Des essais cliniques chez l’Homme doivent démarrer en 2022 (Voir Inserm).

Des chercheurs de l’Université de Tours et de l’Inrae travaillent également depuis l’été dernier à la mise au point d’un vaccin nasal par pulvérisation d’anticorps directement dans le nez, qui pourrait être disponible en 2022. Ces anticorps devraient permettre non seulement de réduire considérablement les risques de formes graves en bloquant et en détruisant le virus dès son arrivée dans le corps, mais également d’empêcher l’infection.

Mais à plus court terme, nous devrions pouvoir bénéficier, d’ici quelques mois, de deux nouveaux vaccins anti Covid à protéines recombinantes, l’un espagnol, développé par Hirpa, et l’autre produit par Sanofi, et qui pourrait être disponible avant la fin de l’année. Ce type de vaccin cible plusieurs régions de la protéine Spike. Il devrait donc être très efficace contre les nouveaux variants. Il se conserve en outre facilement, ce qui est important pour les pays en voie de développement.

Le laboratoire anglo-suédois AstraZeneca a publié fin 20 août des résultats très prometteurs concernant son traitement préventif du Covid-19, baptisé AZD7442, qui pourrait être disponible dès la fin de l’année (Voir AstraZeneca). Ce traitement à base d’anticorps de synthèse permet en effet de réduire de 77 % le risque de développer une forme symptomatique du Covid-19. Ce vaccin s’adressera en priorité aux personnes fragiles, ayant un système immunitaire affaibli.

Il y a quelques jours, un autre traitement mis au point par le laboratoire Regeneron, associant deux anticorps monoclonaux (casirivimab et imdevimab), a été autorisé, en raison de son efficacité scientifiquement démontrée par l’Agence Nationale de Sécurité des Médicaments, pour les patients atteints du Covid-19 et risquant de développer une forme grave de la maladie.

Notons également que l’Institut Pasteur vient d’obtenir l’autorisation de commencer ses essais cliniques de phase 2 pour vérifier l’efficacité du clofoctol contre le Covid-19. Cet ancien médicament anti-bactérien, utilisé en France jusqu’en 2005, s’est montré très efficace pour bloquer la réplication du SARS-CoV-2 en laboratoire. Il pourrait rejoindre dans quelques mois l’arsenal thérapeutique contre le Covid-19. Un autre traitement, à base d’anticorps polyclonaux celui-ci, développé par le laboratoire français Xenothera, pourrait être également disponible dans quelques semaines. Destiné aux patients atteints d'un Covid-19 modéré, ce traitement permet de prévenir l'aggravation de la maladie et d’éviter un transfert en réanimation.

Egalement attendu prochainement, le molnupinavir, un antiviral qui permet de réduire la charge virale en stoppant la reproduction du virus dans le corps. Les premiers essais de ce médicament ont montré qu’au bout de cinq jours, le virus n'était plus détectable dans l'organisme des participants traités. Enfin, évoquons également le tocilizumab, un anti-inflammatoire classé dans les anticorps monoclonaux. Il agit en bloquant le récepteur d'une protéine, l'interleukine 6, qui peut entraîner une « tempête » inflammatoire que l’on retrouve dans les cas les plus graves de Covid-19.

Tous ces nouveaux traitements et vaccins ne seront pas superflus face à un virus qui s’avère bien plus retors et potentiellement plus dangereux qu’on ne l’imaginait il y a encore quelques mois. On sait à présent que 20 à 30 % des patients touchés par le Covid-19 ont été victimes du fameux et encore mal connu « Covid long ». Ce Covid long se manifeste par différents symptômes persistants (troubles cardiaques, pulmonaires, digestifs ou cognitifs), y compris chez de jeunes adultes n’ayant eu aucun problème de santé. Fin août, une étude chinoise s'est elle aussi intéressée aux effets du Covid long en travaillant sur les dossiers médicaux de 1.300 personnes sorties entre janvier et mai 2020 d'un hôpital de Wuhan, qu'ils ont comparés à des données recueillies six mois après la sortie des mêmes patients. Selon ces travaux, la moitié des patients sortis de l'hôpital souffrent encore d'au moins un symptôme persistant et un patient sur trois présente encore un essoufflement après douze mois.

Le Docteur Jérôme Larché, spécialiste reconnu du Covid long à la clinique Clémentville de Montpellier, souligne que le virus Sars-CoV-2 est capable de s’attaquer simultanément à de nombreux organes et précise que certains de ses patients, infectés par le Covid en février 2020, sont toujours incapables de reprendre une activité.

A ce Covid long « classique », est venu s’ajouter récemment une autre forme de Covid-19, le Covid asymptomatique à retardement. Une récente étude réalisée sur les 700 croisiéristes contaminés du paquebot « Diamond Princess » a révélé que 74 étaient asymptomatiques, c’est-à-dire positifs à la Covid-19 mais sans aucun symptôme. Selon ces chercheurs de l’Institut Scripps en Californie (Voir ACP Journals), la moitié des patients atteints du Covid-19 à la sortie d'une croisière, mais asymptomatiques, avaient déclaré, plusieurs semaines plus tard des séquelles pulmonaires et cardiaques assez graves. Chez ces patients, les médecins ont pu observer des anomalies pulmonaires, comme des taches grises sur les poumons. En avril dernier, d’autres recherches menées par le Docteur Ermias Belay, du Centre de Contrôle des Maladies d’Atlanta (Géorgie), avaient par ailleurs montré que les trois quarts des enfants ayant développé un syndrome inflammatoire multisystémique des semaines après leur infection à la Covid-19 avaient été asymptomatiques (Voir JAMA Network). Le problème, c’est que personne ne connaît pour l’instant le nombre de personnes contaminées ayant été asymptomatiques, et que les scientifiques ne savent pas non plus jusqu’à combien de temps, après une contamination, les patients asymptomatiques peuvent développer des effets secondaires…

Heureusement, une étude anglaise, publiée le 1er septembre, est venue confirmer que les vaccins protégeaient aussi contre le Covid long (Voir The Lancet). Les chercheurs du King’s College de Londres ont suivi plus de deux millions de personnes vaccinées au Royaume-Uni grâce à une application qui permettait aux participants de noter et transmettre leurs symptômes et leur durée. Près de la moitié d’entre eux avaient reçu les deux doses du vaccin (971.504), dont uniquement 2.370 (0,2 %) ont été infectées après la vaccination. En comparant ces personnes infectées malgré la vaccination avec des personnes infectées, mais non vaccinées du même âge et avec les mêmes comorbidités, ces recherches ont montré qu’une personne vaccinée, mais quand même contaminée, a deux fois plus de chances de ne présenter aucun symptôme, par rapport à une personne contaminée mais non vaccinée. En outre, en cas de symptômes, ceux-ci sont bien moins graves, ce qui divise par trois les risques d’hospitalisation, par rapport aux personnes non-vaccinées.

Le second point important que je voudrais développer rapidement concerne la spécificité du variant delta, à présent largement dominant dans notre pays. Une étude de l’Institut Pasteur (Voir Institut Pasteur), publiée le 6 septembre dernier, confirme la très grande contagiosité de ce variant delta et souligne que, même si les vaccins restent très efficaces contre les formes sévères, la protection vaccinale contre l’infection diminue pour le variant Delta. Dans leur nouveau scénario de référence, les chercheurs de Pasteur ont fait l’hypothèse que le nombre de reproduction de base R0 est égal à 5 (contre R0=4 dans l’analyse de juin), que le risque d’hospitalisation augmente de 50 % pour les personnes infectées par le variant Delta et que la vaccination diminue le risque d’infection de 60 % pour le variant Delta. S’agissant de la couverture vaccinale, ces scientifiques tablent sur 70 % chez les 12-17 ans, 80 % chez les 18-59 ans et 90 % chez les plus de 60 ans. Enfin, ils font l’hypothèse que la vaccination réduit le risque d’hospitalisation de 95 % et le risque de transmission de 50 %.

Sur ces bases, cette nouvelle étude montre de manière très intéressante que les personnes non-vaccinées de plus de 60 ans représentent 3 % de la population mais 43 % des hospitalisations ; c’est pourquoi, si nous voulons éviter une nouvelle saturation de notre système de soins, il est si important que la couverture vaccinale soit aussi haute que possible, à commencer par celle des plus âgés et des plus fragiles, dont nous avons vu qu’elle était encore dangereusement insuffisante. L’étude de Pasteur rappelle qu’avec le variant Delta, les personnes vaccinées sont moins bien protégées contre l’infection, même si la protection vaccinale, il faut le répéter, reste très élevée contre les formes graves. En conséquence, cette étude prévoit que les personnes vaccinées représenteront bientôt la moitié des nouvelles infections (alors que ce groupe représente plus de 70 % de la population). Il est donc très important que les personnes vaccinées ne baissent pas la garde et continuent à respecter les gestes barrières et porter un masque dans les espaces clos ou fréquentés, pour se protéger de l’infection et éviter de contaminer leurs proches.

C’est bien là le point crucial de cette étude. Elle souligne avec force que, pour parvenir à réduire suffisamment les taux de transmission de ce variant delta, de manière à fortement réduire l’impact sur le système de santé, il est capital, en plus de la vaccination et d’une troisième dose pour les plus de 65 ans les plus fragiles, de bien maintenir les gestes barrières, le port du masque, les bonnes règles de distanciation physique, le Tester-Tracer-Isoler et le passe sanitaire.

Ce variant delta remet donc sérieusement en cause la perspective de parvenir rapidement à l’immunité collective, grâce à la vaccination massive, et cela est encore plus vrai si l’on considère une autre étude, passée un peu inaperçue, qui montre que, contrairement à ce que la majorité des scientifiques a longtemps cru, il semble bien, selon de récents travaux, que ce virus puisse contaminer des individus par aérosols, sur de grandes distances. Cette réalité enfin reconnue ne fait que renforcer l'utilité et la nécessité de conserver les gestes barrières, même vaccinés, lorsque nous sommes entourés d'autres personnes, en milieu fermé mais aussi à l'extérieur... (Voir BioRxiv). Cette capacité accrue que possède le variant delta d’infecter des personnes à longue distance, par aérosol, donne également tout son sens aux nouvelles mesures, qui doivent encore être renforcées à mes yeux, visant à généraliser dans tous les espaces publics clos (bureaux, écoles, administrations, gares, etc.) les systèmes de ventilation de renouvellement et de purification de l’air, qui peuvent contribuer, eux aussi, à freiner sensiblement la propagation du virus et à réduire les risques de contaminations.

Eric Caumes, chef du service des maladies infectieuses de l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière, continue toutefois à penser que nous sommes proches de l’immunité collective, mais que l’atteindre va prendre plus de temps que prévu en raison des variants. Il ajoute cependant, « Il faut bien comprendre que ce virus ne va pas disparaître avec l’immunité collective. On va vivre avec le Covid-19 et celui-ci va rejoindre les quatre autres coronavirus avec lesquels on vit déjà ».

Mais cette conviction est loin d’être partagée par tous les chercheurs. Andrew Pollard, qui dirige l'Oxford Vaccine Group, pense pour sa part qu’avec la prédominance de variant delta, très contagieux, l'immunité collective n'est pas possible, car ce variant infecte plus facilement les individus vaccinés, ce qui signifie que les personnes encore non vaccinées vont fatalement rencontrer le virus.

Samuel Alizon, directeur de Recherche au CNRS et à l'Institut de recherche pour le développement (IRD), et Mircea T. Sofonea, maître de conférences en épidémiologie et évolution des maladies infectieuses (laboratoire MIVEGEC) à l'Université de Montpellier, ont récemment publié une analyse très complète sur l'évolution de la virulence du coronavirus, c’est-à-dire de sa vitesse de multiplication dans l’organisme. Ces deux chercheurs doutent également de la perspective d’atteindre prochainement l’immunité collective. Ils observent que, dans le cas du SARS-CoV-2, on a assisté à une baisse de la létalité depuis le début de l'épidémie dans beaucoup de pays, en grande partie grâce à la vaccination.

En revanche, ces scientifiques soulignent qu’on observe une augmentation de la virulence, notamment chez le variant Delta, qui entraîne davantage d'hospitalisations chez les personnes non vaccinées. Selon ces chercheurs, toute la question est à présent de savoir si le coronavirus possède encore une marge de progression pour exploiter son hôte humain plus efficacement, auquel cas il deviendrait moins virulent à niveau identique de contagiosité. Dans le cas contraire, si le virus finit par épuiser ses ressources de contournement du système immunitaire, il deviendrait à la fois moins virulent et moins contagieux… Mais quelle que soit la bonne hypothèse, ces chercheurs soulignent que la vaccination massive reste absolument essentielle car, comme l'immunité naturelle, elle diminue sensiblement la létalité de l'infection (le nombre de décès), et accélère l’évolution de cette pandémie vers un scenario qui se rapproche de celui qu’on connaît avec les virus respiratoires saisonniers bénins.

Pour conclure ce trop rapide tour d’horizon des avancées récentes concernant la connaissance que nous avons de ce virus, les traitements qui peuvent le combattre et les stratégies sanitaires qui peuvent le prévenir, je voudrais dire que nous n’en avons sans doute pas fini avec cette pandémie de Covid-19 et qu’il va falloir que nos sociétés apprennent à la combattre et à la prévenir sur le temps long, car nous avons affaire à un virus bien plus complexe, pugnace et adaptatif que prévu et il est malheureusement peu probable que les vaccins, en dépit de leur réelle efficacité démontrée de manière solide par une multitude de travaux scientifiques, puissent à eux seuls juguler et éteindre rapidement cette pandémie mondiale.

Pour vaincre définitivement ce virus, nous allons devoir, sans doute pendant plusieurs années, combiner de multiples armes : d’abord une vaccination régulière avec des vaccins qui seront « mis à jour » chaque année pour intégrer les nouveaux variants, grâce aux extraordinaires possibilités de la technologie ARN. Ensuite, une intégration, dans nos modes de vie, des gestes-barrières et du port du masque dans de nombreuses circonstances, car ces barrières physiques resteront longtemps encore des moyens efficaces et irremplaçables pour limiter la contamination en contexte confiné.

Par ailleurs, il va falloir équiper rapidement, même si cela représente un lourd investissement, tous nos bâtiments et équipements publics, mais aussi toutes nos entreprises, de dispositifs de mesure de CO2 et de systèmes performants de ventilation et de purification de l’air, qui permettront de limiter la propagation de ce virus (mais aussi d’autres agents pathogènes) et la contamination en espace fermé.

Il est également souhaitable que les administrations et établissements où résident des personnes malades ou fragiles, notamment les EPHAD et hôpitaux, se dotent de robots de nouvelle génération, à grande capacité d’autonomie, qui pourront efficacement désinfecter les locaux, sans exposer le personnel, et plus largement assister les soignants dans leurs nombreuses tâches.

Le dépistage massif, régulier et rapide du Covid-19 va également devenir un enjeu majeur de santé publique, surtout dans un nouveau contexte pandémique qui risque de se traduire, comme le montre l’étude de Pasteur, par un nombre croissant de personnes contaminées totalement asymptomatiques. Sur ce point, on peut signaler la remarquable innovation développée par deux chercheuses de l’Université de Nîmes, Valérie Compan, et Sandie Choquart. Il s’agit d’un dispositif portatif et non-invasif, dans lequel il suffit de souffler par intermittence dans un petit boîtier durant 3 minutes. Au bout de ce court délai, le résultat s’affiche sur un écran et peut être transmis immédiatement, via un mobile, au médecin. Cet outil très fiable, qui peut être utilisé sans personnel de santé, peut également rechercher la présence d'un variant, connaître la charge virale d'une personne infectée par le Covid ou encore suivre le développement des anticorps après la vaccination. Il pourrait considérablement simplifier et faciliter le dépistage de masse du Covid-19 et de ses variants. Souhaitons que cette belle innovation puisse être développée par des industriels français et ne soit pas rachetée par un grand groupe étranger, comme cela est trop souvent le cas…

Enfin, et ce point est capital, nous devons tirer les leçons de cette catastrophe sanitaire mondiale et essayer de comprendre, en nous appuyant sur des recherches transdisciplinaires, quel est le rôle du changement climatique, du bouleversement des écosystèmes, des modes d’élevage industriel à grande échelle et de la promiscuité de cohabitation accrue entre l’homme et les autres espèces animales, dans l’apparition de ce type de pandémie planétaire.

Si nous parvenons à mettre en œuvre de manière intelligente, dans la concertation, la pédagogie et le dialogue constructif, cette stratégie globale dans la durée, nous pourrons, j’en suis convaincu, surmonter cette pandémie meurtrière et nous serons bien mieux armés pour affronter les autres pandémies mondiales qui ne manqueront pas de survenir dans l’avenir.

René TRÉGOUËT

Sénateur honoraire

Fondateur du Groupe de Prospective du Sénat

e-mail : tregouet@gmail.com

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