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Le calcul distribué pour décoder le protéome
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Le Téléthon, organisé les 7 et 8 décembre, fera appel cette année aux possesseurs d'ordinateurs reliés à l'internet en leur demandant de mettre en commun la puissance de calcul inutilisée de leurs PC grâce à la technologie du "grid computing", ou calcul distribué. Dans son principe, le calcul distribué permet de répartir, par l'intermédiaire d'internet, un logiciel de calcul sur des milliers d'ordinateurs personnels. L'architecture qui sera ainsi créée par IBM, partenaire de ce "Décrypthon", représente virtuellement une puissance de calcul de plus de 40 Téraflops (milliards d'opérations par seconde), ce qui permettra de comparer une à une les 500.000 protéines du monde vivant et de les classer en familles, pour créer une gigantesque base de données. Pour réaliser ces opérations et les répartir sur des milliers d'ordinateurs, un serveur découpe les informations à traiter (plus de 400 giga-octets de données pour ce projet) en très petits volumes de données en kilo octets), qui sont distribuées aux ordinateurs personnels pour un traitement en parallèle de quelques heures. Les résultats sont renvoyés au bout de 5 heures au serveur IBM et ils sont analysés et rendus aux chercheurs. Les chercheurs comptent sur la puissance de 100.000 ordinateurs contribuant chacun à hauteur d'environ 100 heures, soit plus d'un million d'heures de calcul. Si l'on n'utilisait qu'un seul ordinateur personnel standard, le calcul prendrait environ 1.170 ans. Pour participer, les internautes doivent aller, dès ce vendredi, sur le site http://www.telethon.fr en indiquant leur adresse e-mail et le nombre d'ordinateurs PC avec lesquels ils souhaitent participer. Les inscrits recevront en février 2002 dans leur messagerie un courrier leur indiquant le début de l'opération et comment télécharger à partir du site telethon.fr le logiciel gratuit pour participer à la recherche. Les phases de réception des données à calculer et de renvoi de ces données seront parfaitement transparentes pour l'internaute, souligne IBM: les calculs sont effectués sans perturber l'utilisation normale de l'ordinateur, et le travail est réalisé hors connexion en utilisant les capacités inexploitées, donc en ne perturbant pas les traitements informatiques courants. Le calcul distribué connaît une popularité croissante, en raison du très faible coût de la puissance de calcul ainsi obtenue. Depuis plus d'un an, le projet Seti-at-home, du laboratoire des Sciences spatiales de l'Université de Berkeley, utilise cette technologie pour rechercher le signal d'une vie dans la voie lactée.
La Recherche : http://www.larecherche.fr/medecine/n011116092232.i05jutjc.html
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